Koutetsu no Majo Annerose trata sobre Annerose, una bruja que tiene una agencia de detectives que está en Amidahara, un pueblo repleto por monstruos, criminales y gente armada. Un día, llega a esa ciudad una chica llamada Miki, la cual le pide ayuda a Annerose para encontrar a su hermano. Después de aceptar su solicitud, su agencia se ve involucrada en disputas con las oscuras fuerzas que gobiernan en ese lugar.